Axe cerveau-intestin : notre microbiote peut-il vraiment influencer notre santé mentale ?

Et si notre humeur ne dépendait pas uniquement de notre cerveau ? Depuis quelques années, les chercheurs s’intéressent de près aux échanges permanents entre l’intestin, son microbiote et le système nerveux central. Cette communication, appelée axe intestin-cerveau ou axe microbiote-intestin-cerveau, ouvre de nouvelles pistes pour mieux comprendre le stress, l’anxiété ou encore la dépression.

Les probiotiques sont naturellement venus s’inviter dans les recherches. Certaines études observent des effets intéressants sur les symptômes anxieux ou dépressifs, mais les résultats restent encore trop hétérogènes pour considérer les probiotiques comme un traitement des troubles psychiques. Que sait-on réellement aujourd’hui ?

Qu’est-ce que l’axe intestin-cerveau ?

L’axe intestin-cerveau désigne l’ensemble des voies de communication reliant le système digestif et le cerveau.

Et cette communication fonctionne dans les deux sens.

Le cerveau peut modifier le fonctionnement intestinal : le stress peut par exemple agir sur la motricité digestive, les sécrétions intestinales ou la perception de sensations digestives. À l’inverse, différents signaux provenant de l’intestin peuvent être transmis au système nerveux central.

Le microbiote intestinal, c’est-à-dire l’ensemble des micro-organismes vivant principalement dans notre tube digestif, participe lui aussi à ces échanges.

L’Inserm souligne que l’intestin et le système nerveux central entretiennent une interaction étroite et bidirectionnelle. Cette communication repose sur plusieurs mécanismes et ne se résume donc pas à un simple « message » envoyé de l’intestin vers le cerveau.

Comment l’intestin communique-t-il avec le cerveau ?

Les chercheurs ont identifié plusieurs grandes voies susceptibles de participer à cette communication.

Le nerf vague

Le nerf vague constitue l’une des principales voies nerveuses reliant le cerveau à différents organes, dont le système digestif.

Il transmet des informations dans les deux directions. Des travaux expérimentaux suggèrent qu’il participe notamment à la transmission au cerveau de signaux liés au microbiote intestinal.

Des recherches menées par l’Inserm, l’Institut Pasteur et le CNRS ont par exemple mis en évidence son rôle dans des modèles expérimentaux étudiant les relations entre microbiote et dépression. Ces travaux ont toutefois été réalisés chez l’animal et ne permettent pas, à eux seuls, de transposer les résultats directement à l’être humain.

Les substances produites dans l’intestin

Les bactéries intestinales transforment certains composants alimentaires et produisent de nombreux métabolites.

Parmi eux figurent notamment les acides gras à chaîne courte issus de la fermentation de certaines fibres alimentaires.

Ces molécules peuvent participer au fonctionnement de la barrière intestinale, aux réponses immunitaires et à différentes voies métaboliques susceptibles d’interagir avec le système nerveux.

Les recherches portent également sur le métabolisme du tryptophane, un acide aminé impliqué dans plusieurs voies biologiques importantes pour le système nerveux.

Le système immunitaire

L’intestin constitue également un lieu majeur d’interactions avec le système immunitaire.

Les micro-organismes intestinaux et leurs produits peuvent influencer certaines réponses immunitaires et la production de molécules inflammatoires. Or, les liens entre inflammation et différentes maladies psychiatriques font aujourd’hui l’objet de nombreuses recherches.

Les voies hormonales

Le stress mobilise notamment l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien, qui régule la libération de différentes hormones, dont le cortisol.

Le microbiote, le système digestif et les mécanismes du stress peuvent donc interagir à plusieurs niveaux.

Cette complexité explique pourquoi les scientifiques parlent aujourd’hui d’un véritable axe microbiote-intestin-cerveau plutôt que d’une communication reposant sur une seule voie.

Le microbiote intestinal influence-t-il vraiment la santé mentale ?

De nombreuses recherches montrent aujourd’hui une association entre le microbiote intestinal et certaines dimensions de la santé mentale.

Des différences de composition ou de fonctionnement du microbiote ont notamment été observées chez certaines personnes présentant :

• une dépression ;
• des troubles anxieux ;
• un trouble bipolaire ;
• une schizophrénie.

Mais une association ne signifie pas nécessairement que le microbiote est la cause du trouble.

La santé mentale dépend de très nombreux facteurs : génétiques, biologiques, psychologiques, sociaux et environnementaux. L’Inserm rappelle ainsi que le microbiote constitue seulement l’un des nombreux facteurs susceptibles d’intervenir dans ces maladies.

Certaines recherches récentes renforcent néanmoins l’intérêt de cette piste. Une étude publiée en 2024 dans Nature Mental Health a par exemple identifié des caractéristiques du microbiome, des métabolites et des signatures cérébrales différentes selon le niveau de résilience psychologique des participants. Ces résultats montrent l’existence d’interactions complexes, mais ne démontrent pas qu’une modification volontaire du microbiote suffirait à améliorer la santé mentale.

Qu’est-ce qu’un probiotique ?

Selon la définition scientifique de référence, les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate, apportent un bénéfice pour la santé de l’hôte.

Il peut s’agir notamment de certaines bactéries appartenant aux genres Lactobacillus ou Bifidobacterium, mais aussi de certaines levures.

Les probiotiques peuvent être présents dans certains aliments ou proposés sous forme de compléments alimentaires.

Attention cependant : tous les aliments fermentés ne sont pas automatiquement des probiotiques. Pour qu’un micro-organisme soit qualifié de probiotique, un bénéfice pour la santé doit avoir été démontré pour la souche concernée et dans des conditions d’utilisation précises.

Qu’est-ce qu’un psychobiotique ?

Le terme psychobiotique apparaît de plus en plus dans les publications scientifiques et dans les médias.

Il désigne généralement des interventions ciblant le microbiote intestinal dans l’objectif potentiel d’avoir un effet sur certaines fonctions cérébrales ou psychologiques.

Le terme peut notamment être employé dans la recherche pour parler de certains probiotiques ou prébiotiques étudiés pour leurs effets éventuels sur le stress, l’anxiété ou l’humeur.

Il ne faut cependant pas interpréter « psychobiotique » comme une nouvelle catégorie de médicament antidépresseur ou anxiolytique. La recherche est encore en cours pour déterminer quelles souches pourraient être utiles, chez quels patients, à quelles doses et pendant combien de temps.

Les probiotiques peuvent-ils réduire l’anxiété ou la dépression ?

C’est probablement la question qui suscite aujourd’hui le plus d’intérêt.

Plusieurs essais cliniques et méta-analyses ont observé une diminution de certains scores d’anxiété ou de dépression chez des participants recevant des probiotiques.

Une méta-analyse portant sur 23 essais randomisés et 1 401 patients présentant des diagnostics cliniques a notamment retrouvé une diminution des symptômes dépressifs et, dans une moindre mesure, des symptômes anxieux avec les probiotiques.

Une autre méta-analyse publiée en 2025 portant sur des patients souffrant de dépression a également observé une amélioration des scores lorsque probiotiques, prébiotiques ou symbiotiques étaient utilisés. Mais les résultats variaient énormément d’une étude à l’autre, avec une hétérogénéité très élevée.

C’est une limite importante.

Les études n’utilisent pas toutes :

• les mêmes souches de bactéries ;
• les mêmes associations de probiotiques ;
• les mêmes doses ;
• la même durée de supplémentation ;
• les mêmes échelles d’évaluation ;
• les mêmes populations.

Il est donc impossible de conclure que "les probiotiques traitent la dépression" de manière générale.

Une revue publiée en 2025 consacrée aux relations entre alimentation, microbiote et santé mentale souligne d’ailleurs que les résultats concernant les probiotiques et l’humeur restent contradictoires et que des recherches supplémentaires sont nécessaires.

Une vaste revue de revues publiée en 2026 aboutit également à une conclusion prudente : si les résultats sur les symptômes anxieux et dépressifs sont encourageants, la qualité méthodologique de la majorité des méta-analyses étudiées était seulement modérée, faible ou très faible.

Peut-on prendre des probiotiques pour traiter une dépression ?

Les probiotiques ne doivent pas remplacer la prise en charge médicale d'une dépression ou d'un trouble anxieux.

À l'heure actuelle, les données disponibles sont insuffisantes pour considérer une supplémentation probiotique comme un traitement autonome de ces maladies.

Pour la dépression, la prise en charge reconnue peut notamment faire intervenir, selon la situation et la sévérité du trouble :

• le suivi médical ;
• une psychothérapie ;
• des mesures concernant le mode de vie ;
• lorsque cela est indiqué, un traitement antidépresseur.

La Haute Autorité de santé adapte ces traitements à la sévérité de l'épisode dépressif et à la situation du patient.

Il est donc essentiel de ne pas interrompre ou modifier un traitement antidépresseur ou anxiolytique dans l’objectif de le remplacer par des probiotiques.

En cas de tristesse persistante, perte d’intérêt, anxiété importante, troubles du sommeil prolongés, difficultés à accomplir les activités quotidiennes ou idées suicidaires, une prise en charge médicale est nécessaire.

Toutes les souches de probiotiques ont-elles le même effet ?

Non, et c'est un point essentiel.

On parle souvent des probiotiques comme s'il s'agissait d'un seul produit. Or, leurs effets peuvent varier d'une espèce et surtout d'une souche à l'autre.

Deux compléments contenant des bactéries du même genre ne sont donc pas nécessairement interchangeables.

Le NIH rappelle que les recommandations concernant les probiotiques doivent tenir compte des souches précisément étudiées, car les mécanismes et les effets biologiques peuvent être spécifiques à celles-ci.

Cela signifie également qu'un résultat obtenu dans une étude avec une combinaison déterminée de souches ne peut pas automatiquement être appliqué à tous les compléments commercialisés.

Par ailleurs, un nombre plus élevé de milliards de micro-organismes ou d'unités formant colonie — les fameuses UFC ou CFU mentionnées sur les emballages — ne signifie pas automatiquement qu'un produit sera plus efficace.

Les probiotiques sont-ils sans risque ?

Chez une personne en bonne santé, les probiotiques couramment utilisés sont généralement bien tolérés. Des troubles digestifs transitoires, comme des gaz, peuvent toutefois survenir.

Mais ils ne sont pas totalement anodins.

De rares infections ont été rapportées, principalement chez des personnes gravement malades ou immunodéprimées. Les autorités sanitaires recommandent donc une prudence particulière dans ces populations.

En cas de maladie importante, de déficit immunitaire ou de traitement immunosuppresseur, il est préférable de demander conseil à un professionnel de santé avant de prendre un complément probiotique.

Peut-on agir sur son microbiote sans prendre de probiotiques ?

Le microbiote intestinal est fortement influencé par l'environnement et notamment par l'alimentation.

Les chercheurs s'intéressent en particulier aux régimes riches en aliments végétaux et en fibres alimentaires, puisque certaines fibres constituent des substrats utilisés par les bactéries intestinales pour produire des métabolites, notamment des acides gras à chaîne courte.

Une alimentation variée faisant une large place aux :

• légumes ;
• fruits ;
• légumes secs ;
• céréales complètes ;
• fruits à coque ;

contribue aux apports en fibres et peut influencer l'écosystème intestinal.

Il faut toutefois distinguer les fibres des prébiotiques. Tous les prébiotiques peuvent agir comme substrats pour certains micro-organismes, mais toutes les fibres ne répondent pas à la définition scientifique d'un prébiotique.

La recherche s'intéresse aujourd'hui à l'ensemble de la relation alimentation-microbiote-intestin-cerveau, plutôt qu'à la seule prise de compléments. Une revue publiée dans Nature Metabolism souligne ainsi le rôle potentiel de l'alimentation dans la modulation du microbiote et de ses interactions avec la santé cérébrale, tout en rappelant que de nombreuses questions restent à résoudre.

Peut-on tester son microbiote pour savoir quels probiotiques prendre ?

Les tests commerciaux du microbiote intestinal se multiplient, parfois avec la promesse de fournir des conseils nutritionnels ou des probiotiques « personnalisés ».

La prudence est de mise.

En mars 2026, l'Inserm rappelait que les connaissances actuelles ne permettent pas encore d'interpréter simplement la composition du microbiote d'un individu pour en déduire son état de santé ou déterminer automatiquement la supplémentation dont il aurait besoin. L'institut mettait également en garde contre certains tests et compléments commercialisés autour du microbiote sans validation suffisante.

Il n'existe donc pas aujourd'hui de profil unique du « microbiote parfait » permettant de prédire à lui seul le bien-être psychologique d'une personne.

Axe cerveau-intestin : que faut-il vraiment retenir ?

L'existence d'une communication bidirectionnelle entre l'intestin et le cerveau est aujourd'hui solidement établie. Le microbiote intestinal intervient dans cette communication par plusieurs voies : nerveuses, immunitaires, endocriniennes et métaboliques.

Les recherches montrent également des associations entre le microbiote et certains troubles tels que la dépression ou l'anxiété.

Concernant les probiotiques, les résultats sont prometteurs mais encore insuffisants pour modifier les traitements de référence en santé mentale. Certaines études observent une amélioration des symptômes, mais les différences entre les souches, les doses, les populations et les protocoles empêchent encore de formuler une recommandation générale.

L'enjeu des prochaines années sera donc moins de déterminer si « le microbiote agit sur le cerveau » — ce dialogue est désormais bien documenté — que de savoir comment utiliser précisément ces connaissances chez l'être humain, et quels patients pourraient réellement bénéficier d'interventions ciblant le microbiote.

Pour l'instant, prendre soin de son alimentation et de sa santé digestive peut s'inscrire dans une hygiène de vie globale, mais une supplémentation en probiotiques ne doit jamais se substituer à un diagnostic ni à une prise en charge médicale en cas de trouble psychique.

Sources : 

Inserm – Microbiote intestinal (flore intestinale).

Inserm – Santé mentale : le nerf vague lie microbiote et dépression, 11 décembre 2023.

Inserm – Microbiote : que valent vraiment les tests et les compléments alimentaires ?, 4 mars 2026.

Aburto MR, Cryan JF. Gastrointestinal and brain barriers : unlocking gates of communication across the microbiota–gut–brain axis. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2024.

Ohara TE, Hsiao EY. Microbiota–neuroepithelial signalling across the gut–brain axis. Nature Reviews Microbiology, 2025.

Schneider E et al. Feeding gut microbes to nourish the brain: unravelling the diet–microbiota–gut–brain axis. Nature Metabolism, 2024.

Effects of Prebiotics and Probiotics on Symptoms of Depression and Anxiety in Clinically Diagnosed Samples: Systematic Review and Meta-analysis of Randomized Controlled Trials.

Moshfeghinia R et al. The impact of probiotics, prebiotics, and synbiotics on depression and anxiety symptoms of patients with depression: A systematic review and meta-analysis. Journal of Psychiatric Research, 2025.

NIH Office of Dietary Supplements – Probiotics: Fact Sheet for Health Professionals, mise à jour 25 mars 2025.

Haute Autorité de santé – Épisode dépressif caractérisé de l’adulte : prise en charge en premier recours.